La colonoscopia virtual es generalmente segura. Los riesgos incluyen:

• Desgarro (perforación) en el colon o el recto. El colon y el recto se inflan con aire o dióxido de carbono durante la prueba y esto conlleva un pequeño riesgo de causar un desgarro. Sin embargo, este riesgo es menor en comparación con el de la colonoscopia tradicional.
• Exposición a un bajo nivel de radiación. La colonoscopia virtual utiliza una pequeña dosis de radiación para crear imágenes de su colon y recto. Los médicos utilizan la dosis de radiación más baja posible para crear una imagen clara. En general, esto es aproximadamente la misma cantidad de radiación natural a la que podría estar expuesto en dos años, y mucho menos que la cantidad utilizada para una tomografía computarizada de diagnóstico.